Hans Tausen (1494-1561), oprindeligt katolsk johannitermunk, siden protestantisk reformator og biskop
Med Reformationen forsvandt Johanniterordenen fra Danmark som en organiseret størrelse. Munkene enten forlod landet eller konverterede og forlod ordenen – og blandt de sidstnævnte var den store protestantiske reformator, biskop Hans Tausen (1494-1561).
Der har siden kun sporadisk været danske medlemmer af Johanniterordenen. Over tid er det dog blevet til mere end 100. Blandt medlemmerne har været flere nære slægtninge til kongefamilien (f.eks. Christian IX’s svigerfader, landgreve Wilhelm af Hessen-Kassel 1787-1867), tre gehejmestatsministre i 1800-tallet (Conrad rigsgreve Rantzau-Breitenburg 1773-1845, Otto lensgreve Blome 1770-1849 og Heinrich Anna greve Reventlow-Criminil 1798-1869).
Andreas Conrad Peter rigsgreve Rantzau-Breitenburg (1773-1845), dansk statsminister, var ridder af Johanniterordenen, hvis halskors han bærer her sammen med sine danske dekorationer.
Ordenen har også talt et eller flere medlemmer af bl.a. familierne Abrahamson, Ahlefeldt, Baudissin, Bernstorff, Bille Brahe, Blücher, Buchwaldt, Bülow, Clauson-Kaas, Danneskiold-Samsøe, Hardenberg-Reventlow, Haugwitz-Hardenberg-Reventlow, Haxthausen, Holck, Holstein, Levetzau, Løvenskiold, Moltke, Neergaard, Plessen, Reventlow, Schimmelmann, Skeel, Sehestedt Juul, Wedel-Jarlsberg og Wedell(-Wedellsborg).
I størstedelen af det 20. århundrede har der altid kun været få danske medlemmer – siden 1920erne mestendels udlændinge med kortere eller længere ophold i Danmark.
I 2012 besluttede Johanniterordenens ledelse imidlertid at udbygge arbejdet i Danmark og oprettede en underafdeling, et såkaldt “underkommanderi”, under ledelse af Peter Kurrild-Klitgaard (2012-2021).
Fritz baron Wedel Jarlsberg (1855-1942) til Palsgaard – norsk udenrigsminister og gesandt til København, dansk godsejer, bosat i Danmark i mange år – var medlem af Johanniterordenen.
Siden 2013 har man som en selvstændig forening oprettet Johanniterhjælpen, hvori ordenens humanitære/karitative arbejde udføres, og hvorigennem der ydes støtte til humanitære og velgørende projekter i andres regi.
Der er i Danmark kgl. bæretilladelse til Johanniterordenens dekorationer, senest givet af H.M. Dronningen fra 2011 og frem. Det danske forsvar har ligeledes siden 2014 givet tilladelse til bæring på uniform.
Den nuværende ledelse af Johanniterordenens danske underkommanderi består (siden 2021) af Frederik Ahlefeldt-Laurvig (formand), Thomas Ahlefeldt-Laurvig-Lehn og Peter Kurrild-Klitgaard.